Будынак на вуліцы Алейнай горада Ваўкавыска, дзе ў цяперашні час знаходзіцца Свята-Пакроўскі храм, быў пабудаваны ў 1908 годзе і належаў польскай гімназіі. У пасляваенны час тут была адкрыта сярэдняя школа № 48 Цэнтральнага раёна, а ў 90-х гадах XX стагоддзя будынак перадалі Ваўкавыскаму педагагічнаму коледжу, які размясціў у яго сценах студэнцкі інтэрнат. Яшчэ ў савецкі час неаднаразова ўзнікала пытанне пра капітальны рамонт памяшканняў, але з-за адсутнасці сродкаў у гарадскім бюджэце ў 2003 годзе аб'ект абвясцілі аварыйным і інтэрнат закрылі.

У 2004 годзе раённы выканаўчы камітэт прыняў рашэнне перадаць гэты будынак суполцы храма Пакрова Прасвятой Багародзіцы. Пры храме з 2004 года дзейнічае нядзельная школа. Адзін клас на пяць гадоў навучання. Заняткі праводзяць два выкладчыка для 15 вучняў.

У 2010 годзе былі праведзены даследаванні тэхнічнага стану будынка Пакроўскага храма. Заключэнне будаўнічай экспертызы выявіла нездавальняючы стан сцен, міжпавярховых, паддашкавых і лесвічных перакрыццяў. У выніку было прынята рашэнне аб будаўніцтве новага храма і выдзяленні зямельнага ўчастка на вул. Катоўскага. Афармленне праектна-каштарыснай дакументацыі аказалася спалучана са значнымі фінансавымі выдаткамі, у сувязі з чым аднаўленчыя работы ў гэтым будынку храма на вуліцы Аллейная былі часова спыненыя.

У 2011 годзе асноўныя намаганні прыходу храма Пакрова Прасвятой Багародзіцы былі накіраваны на распрацоўку праектна-каштарыснай дакументацыі будучага будынка храма. Былі выкананы ўсе часткі будаўнічага праекта (канструктыўная, архітэктурная, ацяпленне і вентыляцыя, каналізацыя і водазабеспячэнне, электрычная, газазабеспячэння і экалагічная).

У 2010-2011 гадах у цяперашнім будынку храма на вуліцы Аллейная замест старой печкавай і цвёрдапаліўнай сістэмы ацяплення была ўведзена ў эксплуатацыю новая сістэма газавага кацельнага абсталявання. Зроблены рамонт памяшкання, у якім здзяйсняюцца набажэнствы. Часткова добраўпарадкавана прылеглая да храма тэрыторыя, пасаджаны ліставыя і хвойныя дрэвы.

26 жніўня 2012 г. на месцы будаўніцтва будучага Свята-Пакроўскага храма быў здзейснены чын асновы царквы і узьняцьця паклоннага крыжа.

20 кастрычніка 2012 года Высокапраасвяшчэннейшы Арцемій архіепіскап Гродзенскі і Ваўкавыскі заклаў першы камень у падмурак Пакроўскага храма ў Ваўкавыску.

У 2013 г. былі ўзведзены падмуркі царквы.

У 2014 г. пачалося ўзвядзенне сцен будучага храма.